Die Magenschleimhaut, die den gesamten Mageninnenraum auskleidet, produziert den Magensaft. Hierbei handelt es sich um eine klare, saure Flüssigkeit (Magensäure mit pH-Wert=1), die auf Grund der Beimengungen der Haupt- und Belegzellen verdauungsfördernd und keimabtötend wirkt. Durch die Bewegungen der Magenwand wird der Magensaft mit der Nahrung vermischt. Die eiweißspaltenden Enzyme entwickeln ihre volle Wirkung nur bei gleichzeitiger Anwesenheit der Magensäure. Nach einer Nahrungsaufnahme kann die Magensaftsekretion gegenüber dem nüchternen Zustand um den Faktor 100 ansteigen. Die Magensaftsekretion wird sowohl über nervale als auch über hormonelle Signale gesteuert. Ein weiteres Produkt der Magenschleimhaut neben dem Magensaft ist der von den Nebenzellen gebildete alkalische Schleim, dem eine wichtige Schutzfunktion zukommt.
Da dieser Magenschleim die Salzsäure des Magensaftes binden kann, schützt er den Magen auf diese Weise vor einer Selbstverdauung.
Die wohl häufigsten krankhaften Veränderungen des Magen sind das Magengeschwür (Ulkus ventrikuli), sowie die Magenschleimhautentzündung (Gastritis). Die Gastritis ist eine Entzündung der Magenschleimhaut, die in zwei voneinander unabhängigen Formen auftreten kann. Man unterscheidet die akute und die chronische Gastritis.
Die beiden Formen der Gastritis unterscheiden sich hinsichtlich Ursachen, Symptomen und Therapiemöglichkeiten deutlich voneinander.