Die Prognose der Colitis ulcerosa ist in jedem einzelnen Fall schwer vorhersehbar. In den meisten Fällen tritt innerhalb eines Jahres nach Abklingen eines Schubes ein weiterer auf. Bei alleinigem Rektumbefall sind Operationen aufgrund verschiedener Ursachen seltener als bei ausgedehnteren Formen. Die mittlere Lebenserwartung ist im Vergleich zur Durchschnittsbevölkerung nicht messbar eingeschränkt.